Od društvenih mreža do igara do fotografije u starinskim nijansama, iPhone i aplikacije idu ruku pod ruku. Iako obožavatelji iPhonea neprestano traže najnovije i najbolje od ovih kompaktnih programa, iPhone dolazi iz kutije s više od 20 ugrađenih ili "izvornih" aplikacija. Za iPhone 5, Apple je ažurirao mnoge iPhoneove izvorne aplikacije kako bi prilagodio veću veličinu zaslona telefona i iOS 6 operativni sustav.
Komunikacija
Uz osnovnu aplikaciju Telefon i tekstualne poruke na uređaju, iPhone ima FaceTime, ugrađeni program za video pozive za chat licem u lice, i Mail, aplikaciju koja radi s brojnim davateljima usluga e-pošte kako bi omogućila pristup e-pošti s svoj pametni telefon. Za web surfanje, Appleov preglednik Safari dolazi s iPhoneom 5, optimiziranim za 4-inčni zaslon mrežnice na telefonu. Mail i Safari rade sa sustavom iCloud, sinkronizirajući e-poštu i preglednik s drugim Apple uređajima. Aplikacija Kontakti čuva imena, adrese e-pošte, telefonske brojeve i informacije o društvenim mrežama ljudi u vašem društvenom krugu.
Multimedija
Aplikacija Camera na iPhoneu 5 radi zajedno s iSight kamerom od 8 megapiksela na telefonu za snimanje, uređivanje i dijeljenje fotografija i HD videozapisa. Aplikacije Glazba, Videozapisi i Fotografije omogućuju vam pohranu, organiziranje, pregled i dijeljenje multimedije na iPhoneu. Appleova iOS 6 verzija iTunesa radi kao njegova veća braća i sestre, omogućujući vam preuzimanje glazbe, HD filmova i TV emisija. Ova se aplikacija sinkronizira s kućnim verzijama putem iClouda. Izvorni Game Center prati vaše rezultate i postignuća u brojnim iPhone igrama.
Komunalije
Maps, jedna od najistaknutijih iPhoneovih aplikacija, nudi GPS, detaljnu navigaciju s kombinacijom 3-D i 2-D prikaza ulica, uključujući ažuriranja prometa u stvarnom vremenu. Jednostavnije aplikacije poput Kalendara i Podsjetnika omogućuju vam izradu digitalnog planera i postavljanje upozorenja temeljenih na vremenu, dok Notes radi kao višenamjenska virtualna ogrebotina. IPhone 5 također uključuje kalkulator, snimač glasovnih bilješki i aplikacije koje pružaju informacije o vremenu i berzi.
Ostalo
Siri, Appleov "inteligentni asistent", radi u brojnim aplikacijama pružajući informacije i izvršavajući zadatke koji uključuju slanje tekstnih poruka i traženje sportskih rezultata i prikazivanja filmova putem korisničkih glasovnih naredbi. Za one koji se bave nezgodnom kolekcijom kupona, ulaznica, darovnih kartica i propusnica, Passbook drži sve te predmete organizirane u konsolidiranom digitalnom formatu - svaka se kartica ili propusnica može skenirati s uređaja. Jednostavna, ali korisna aplikacija Find My iPhone koristi GPS podatke za daljinsko lociranje vašeg izgubljenog iPhonea s računala s omogućenom iCloudom. Ako utvrdite da nedostaju izvorne aplikacije na telefonu, izvorni App Store omogućuje vam pregledavanje i kupnju više od 700 000 aplikacija trećih strana.