Amazon Kindle kompatibilan je s nekoliko vrsta elektroničkih knjiga (e-knjiga) i koristi različite vrste datoteka ovisno o okolnostima. E-knjige kupljene putem Amazona koriste vlasnički format tvrtke, koji uključuje sustav zaštite digitalnih prava upravljanja ili DRM. Međutim, Kindle ne zahtijeva uvijek upotrebu materijala zaštićenih autorskim pravima i prihvaća druge formate u stanju bez DRM-a.
AZW
Amazon je lansirao svoj vlastiti format e-knjiga, koji koristi prefiks ".AZW", istodobno s puštanjem originalnog uređaja Kindle. Format koristi vlastiti oblik DRM zaštite kako bi se izbjegla krađa autorskih prava. Omogućuje sve oblike oblikovanja teksta i uključuje mogućnost ilustracija i naslovnih slika unutar e-knjiga. Uspjeh uređaja Kindle natjerao je AZW format na dramatično povećanje popularnosti. Sada ga podržava mnoštvo različitih softvera i hardvera za elektroničko čitanje, osim Kindlea.
MOBI i PRC
Mobipocket format e-knjiga označen je prefiksom ".MOBI", koji je zamjenjiv s vrstom datoteke ".PRC" koja je izvorno popularizirana u rasponu Palm Pilot PDA uređaja. Vlastiti zaštićeni format tvrtke Kindle temelji se na Mobipocket standardu, ali se razlikuje po načinu zaštite autorskih prava. MOBI e-knjige omogućuju oblikovanje teksta, naslovnu sliku i elektroničke oznake. Jedan od najdugovječnijih formata e-knjiga, MOBI je jedna od najpopularnijih i široko podržanih vrsta elektroničkih knjiga. Kindle ne može koristiti MOBI datoteke zaštićene DRM-om, iako Amazon sada posjeduje tvrtku Mobipocket.
Kindle izvorno nije podržavao popularnu Adobeovu vrstu datoteke PDF dokumenta. Od tada je kompatibilnost dodana nadogradnjom softvera, iako je ta kompatibilnost ograničena na jednostavne verzije otvorenog standarda vrste dokumenta. PDF-ovi često sadrže složenu grafiku, paginaciju i internetske funkcije koje Kindle ne može riješiti, iako se većina dokumenata temeljenih na tekstu može prikazati s razumnom točnošću. Čak se i najnoviji model Kindle još uvijek upozorava da je podrška za PDF eksperimentalna i da se dokumenti možda neće ispravno prikazivati.
TXT
Obične tekstualne datoteke - označene s ".TXT" vrstom datoteke - Kindle u potpunosti podržava i imaju prednost stvaranja vrlo malih veličina datoteka i gotovo univerzalne podrške na računalima i prijenosnim uređajima. Nedostatak prikazivanja e-knjiga u formatu TXT je nedostatak mogućnosti oblikovanja teksta i nema podrške u dokumentu za bilješke, ilustracije ili interaktivne značajke. Kindle može dodati vlastite oznake u TXT datoteke, međutim, osiguravajući da su datoteke i dalje korisni i praktični izbor za e-knjige.
