Dostupno je mnogo različitih vrsta čitača e-knjiga, a svaki uređaj ima svoje prednosti i nedostatke. Datoteke e-knjiga također dolaze u mnogo različitih formata i nijedan čitač ne može se nositi sa svima. Kindle podržava velik broj postojećih formata, bilo izvorno ili s pretvorbom. Nekoliko formata datoteka zahtijeva upotrebu posebnog softvera da bi bilo kompatibilno s Kindleom.
AZW: Primarni format
Format "AZW" koristi se za e-knjige koje kupujete u Amazonovoj trgovini Kindle. Preferirani je format koji osigurava maksimalnu čitljivost na uređaju. Format je vlasnički i zapravo je inačica MOBI formata, izvorno stvorenog od francuske tvrtke Mobipocket. Amazon je kupio Mobipocket i prilagodio format za upotrebu na Kindleu.
Ostali izvorni formati
Kindle može izvorno prikazati neke druge formate e-knjiga, što znači da se ove datoteke mogu učitati izravno na uređaj i čitati na isti način kao i AZW datoteka. MOBI datoteke i PRC datoteke (format koji se koristi na Palmu) mogu se čitati ako ne sadrže zaštitu digitalnih prava (DRM). DRM obično ograničava knjigu na jedan uređaj za čitanje. Uz to, Kindle može rukovati datotekama s običnim tekstom (TXT) i Adobeovim PDF formatom, iako se svi PDF-ovi ne prikazuju dobro na Kindleu.
Dostupno putem konverzije
Pretvorba obično uključuje slanje datoteke na vašu e-adresu Kindle. Amazon kaže da može pretvoriti HTML, DOC (datoteku Microsoft Word) i formate grafičkih datoteka JPEG, GIF, PNG i BMP. Neki ljudi sada koriste Kindle za čitanje skeniranih manga stripova; program nazvan Mangle omogućuje vam pretvaranje manga ako su skenirane u jedan od formata grafičkih datoteka podržanih na Kindleu.
Audio formati
Kindle može reproducirati audio datoteke. Glazbene datoteke spremljene u MP3 formatu kompatibilne su, kao i audio knjige s Audible.com, koji je također u vlasništvu Amazona. Te su datoteke u formatima Audible (AA) i Audible Enhanced (AAX).
Nepodržani formati
Najrasprostranjeniji format koji nije podržan na Kindleu je format otvorenog koda EPUB, koji koriste mnogi drugi e-čitači poput Nook from Barnes i Noble. Amazon bi na kraju mogao dodati EPUB kompatibilnost na Kindle; u međuvremenu se besplatni programi poput Calibra mogu koristiti za pretvaranje e-knjiga iz EPUB-a u AZW format. Ostali formati poput LIT (MS Reader) i LRF (Sony format) mogu se pretvoriti i na ovaj način. Uspjeh ovih konverzija može se pogoditi i propustiti, ali to su opcije dostupne korisnicima Kindlea.