Uz mikroskope i Petrijeve zdjelice, računala su važan alat za mikrobiologe. Softver za mikrobiološka istraživanja uključuje alate koje koriste druge znanstvene i inženjerske discipline, kao i specijalizirane programe za proučavanje bakterija i drugih mikroorganizama. Mnogo aplikacija koje su razvile vladine agencije, neprofitne zaklade ili akademski istraživači dostupni su kao besplatni softver za preuzimanje i upotrebu prema potrebi vašeg eksperimenta ili laboratorija.
Alati za vizualizaciju
Fizička ili mentalna slika sirovih podataka koje prikupljate može vam pomoći da bolje shvatite njihovu kvalitetu, značaj i implikacije. Softver za vizualizaciju podataka otvorenog koda i komercijalnih podataka široko je dostupan za mikrobiološka istraživanja. Stvorite grafikone i grafikone podataka koristeći LibreOffice Calc, Microsoftov Excel ili Mondrianov sustav za vizualizaciju podataka. Aplikacije Cell-O i RasMol pomažu vam u stvaranju 2D i 3D animiranih modela biološki značajnih molekula poput proteina i aminokiselina.
Matematičko modeliranje
Velike zbirke mikrobioloških podataka često daju značajnije informacije nakon što se numerički analiziraju. Softverski paketi MATLAB, Octave i SciPy koji vrše matematičko usavršavanje, analizu i modeliranje podataka znanstvenika. Koristite ove pakete za procjenu parametara pomoću prilagođavanja krivulje, epidemioloških predviđanja, simulacija rasta bakterija i uklanjanja šuma podataka ili stohastičkog učinka. Ova aplikacija također izvodi statističke izračune, poput analize varijance ili testova hi-kvadrata.
Bioinformatika genoma
Softverske aplikacije za mikrobiologiju također vam pomažu vizualizirati i iskopati informacije iz slijeda nukleinskih kiselina koje čine DNA mikroorganizma. Open Bioinformatics Foundation pruža besplatne aplikacije za sekvenciranje i analizu DNA otvorenog izvora poput BioJave i Biopythona koje izvlače podatke iz banaka informacija o genomu, raščlanjuju DNK kod organizma i uspoređuju ga s drugim uzorcima DNA. Dodatni paketi za analizu genoma uključuju Emboss, HMMER, Clustal Omega, Paket filogenijskog zaključivanja ili PHYLIP, te Sequence Manipulation Suite ili SMS.
Referentni softver
Brzi tempo znanstvenih otkrića u mikrobiologiji i promjena državnih propisa čine ključnim da mikrobiolozi imaju spreman pristup informacijama koje utječu na njihov rad. HUGO je komercijalni softverski paket koji pruža mikrobiolozima trenutne informacije o alatima, kemikalijama, opremi, medijima za uzgoj, sigurnosnim zahtjevima, novim organizmima, taksonomskim promjenama i antibioticima. Uz to, mikrobiolozi koji rade u prehrambenoj znanosti mogu koristiti web-aplikaciju ComBase Browser za pristup mikrobiološkim podacima povezanim s hranom koje pružaju vladine agencije u Ujedinjenom Kraljevstvu, Australiji i Sjedinjenim Državama.
